Stosowanie środków chemicznych do ochrony roślin powinno odbywać się w odpowiednim czasie, dawce, metodzie także poprzez ocenę ekonomicznego poziomu progu. Wyższe dawki niż zalecane, lub nadmiernie stosowane, mogą spowodować negatywne skutki ze względu na toksyczność.
Środki ochrony roślin należy stosować w zalecanych dawkach, jak określono na etykiecie produktu. Przedawkowanie występuje, gdy stosowana jest wyższa niż zalecana dawka, a osady na już spryskanym ściernisku i innych powierzchniach mogą uszkodzić rozwijające się sadzonki w kontakcie. Stosowanie wielu herbicydów jest zalecane w dokładnie scharakteryzowanych fazach rozwoju plonu.
Zaniedbanie aplikacji na jak najlepszym etapie może spowodować szkody dla roślin. Niektóre odmiany roślin uprawnych są bardziej wrażliwe na określone herbicydy, niż inne. Niespójne mieszanki w zbiorniku mogą szkodzić uprawom i należy pamiętać, że nie wszystkie herbicydy czy insektycydy można łączyć. Niektóre negatywne skutki ekologiczne są związane z nadmiernym oraz nieprawidłowym stosowaniem herbicydów.
Obejmują one niezamierzone szkody, które zdarzają się zarówno na terenie objętym opryskiem, jak i poza nim, kiedy preparat jest znoszony wiatrem. Za pomocą odpowiednio dobranych środków ochrony roślin uzyskuje się także doskonałe zwalczanie siewek chwastów.
Czas pomiędzy zastosowaniami preparatów będzie różny w zależności od głównego docelowego gatunku chwastów. Wybierając herbicydy, które mają być stosowane w przypadku podwójnego powalenia, należy wziąć pod uwagę główny docelowy gatunek chwastów. Podwójne powalenie jest droższe niż pojedyncza aplikacja herbicydu. Warunki sezonowe będą miały wpływ na skalę wdrażania w gospodarstwie, ponieważ podwójne powalenie zajmuje więcej czasu niż pojedyncza aplikacja środka ochrony roślin. Do ochrony plonów przed negatywnymi czynnikami stosuje się także skracanie pszenżyta ozimego – herbicydy w rzepaku. Podwójne powalenie opóźnia lub zapobiega rozwojowi oporności chwastów na herbicydy. Stosowanie strategii podwójnej eliminacji zmniejsza także liczbę potencjalnie odpornych chwastów, które należy zwalczać w uprawie.